但是，华夏又有着自己的国情。在司令部的设置上，杨烜并不盲目照抄普鲁士陆军编制，另有创新。
黑旗军设司令部，以杨烜为首长，下设参谋处、军政处、后勤处三大机关。
参谋处主指挥打仗，下设作战科、侦察科、军法科、通讯科等部门。首长称参旗长，首任参谋长为冯可钦。
军政处下设人事科、宣传科、教育科、纪检科等部门。最高首长称主任，杨烜兼任军政处主任。
后勤处下设军需科、军械科、弹药科等部门。首长称处长，副团长薛昊兼任后勤处长。
华夏传统军队大多在部队之外设营务处、粮台两大机关。营务处相当于部队参谋机关，粮台相当于后勤机关，负责为部队供应粮饷。
黑旗军的司令部额外增加一个人事机关，把指挥、人事、后勤机关统归在一起，以便最大限度地提高效率。
司令部以下，有营、连、排、班四级编制。其中，班有十人，由班长统之。排有三十人，由排长统之。连有一百二十人，由连长统之。营有五百人，由营长统之。
大致上，每级部队下辖三个主力分队。譬如，一个步兵团下辖三个步兵营，一营下辖三连，一连下辖三班。
班为最低一级编制单位。班长由士兵担任，称士官。排长以上始为军官。
黑旗军暂编一个步兵团，下辖近卫连、骑兵连、火器营、工兵连、一营、二营、三营、水营，另有斥候、军医等少量直属部队。
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