主官之下，是规模二百余人的县吏员和村吏，以及规模从一百到三百不等的兵马司员。
县吏主要在县衙的各房科中办事，处理案牍文移事务。
村吏主要就是在村镇上担任镇长、里长、粮长等职位的吏员，主要负责收税和招工修建和人口统计等事务。
兵马司员主要负责城内捕盗，巡视街道，以及巡视城外官道等事务。
朝廷将五人以下规定为盗，五人以上规定为匪。
盗由兵马司处理，匪由军队出面，分工明确。
在县衙大堂两侧，衙门会设有吏、户、礼、兵、刑、工六房，政务较为冗杂的县还从中分出粮科、马科等。
此外县中的官学、巡检司、税课局、递运所、水马驿、河泊所、仓库、闸坝等机构均设有吏。
吏员在公务执行中的地位十分重要，而大明朝以主官决策，吏员执行。
大量的刑名、钱谷、行移文书等工作是依靠吏员来完成的，自然这也给了吏员作弊弄权的空间。
由于许多具体的行政事务实际上是由吏员负责实施的，因而一旦出现问题，也首先以吏员是问。
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