百官闻言，随即开始向朱常清弹劾孙传庭，然而朱常清却反问：“传庭何罪有？”
显然，朱常清也是个明白人，他清楚不解决吏治问题，赈灾的事情就无从说起，不管发下去多少钱粮，最终还是会落入贪官污吏的口袋。
正因为有了他的支持，孙传庭信心大增，随即开展京官及勋臣的京察。
九月十八日，孙传庭上奏曹国公李怀玉，成国公朱纯成、殿阁大学士张缙彦、陈演等勋臣文官二千七百六十五人皆有受贿罪行，并移交罪证于乾清宫。
彼时在京勋臣文官不过九千六百余人，孙传庭不过查了四个月，便查出如此多贪腐之人，这令朱翊釴震怒之下呕血不止，令孙传庭依法办案。
九月十九日，孙传庭与锦衣卫指挥使胡能率燕山卫、吉林卫对在京涉事官员展开缉捕。
十月初九，贵州都指挥使王崇明举兵叛乱，邀天下共讨孙传庭，以清君侧。
十月十五，老挝都指挥使李邦彦响应王崇明。
十月二十二，北洲卫王朱载堼起兵靖难，以清君侧。
一时间，西南及北洲狼烟四起，朱常清令各地都司兵马进行平叛，但各地都司武官阳奉阴违，唯陕西都指挥使曹文诏、河中都指挥使曹变蛟几人请命平叛。
冬月初二，孙传庭乞请统兵平叛，朱常清准允。
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