战事总体较为顺利。黑旗军攻占了南宁府、太平府境内的主要城池，占据了昆仑关、镇南关等重要关隘，完成了第一阶段作战目标。
很多前线将士受到鼓舞，写信给总司令部，主张扩大战局，打入南宁府、太平府相邻的思恩府、镇安府。
杨烜审时度势，严令前线将士不得孟浪，不得违反作战计划擅自扩大战事。他很清楚，当下最重要的不是扩大地盘，而是抓紧实施“均田免赋”。
于是，黑旗军开始转入第二阶段作战：清剿不肯投降的地主团练、土匪等武装；建立府、县、乡三级军政府。
与满清一样，杨烜决定在地方上实行四级建制。只不过，满清实施省、道、府、县四级建制，军政府则实行省、府、县、乡四级建制。
军政府立志精简高效，故取消道一级建制；立志建强基层政权，故在县以下增设一级建制。华夏自古都有“皇权不下乡”的传统，军政府此举，第一次把政权触角伸向了乡镇。
所谓军政府，顾名思义，乃是由黑旗军主导建立的政府。黑旗军陆师人马较众，军政府主要由陆师负责筹建。水师专业性强，机动灵活，成为总司令部的得力助手。
杨烜一直留在南宁，牵头筹建暨南军政府。
8月中旬，暨南军政府各部门初步建成，开始步入正轨。杨烜开始筹划另一件大事：均田免赋。
均田免赋，通俗来讲，就是把地主的土地平分给农民，对农业实行固定税率。
这并非是黑旗军的创举。实际上，历朝历代开国之初，都实行过一定程度的均田免赋，借此争取农民的支持。
譬如，隋唐时期实行“均田制”，将无主土地收归国有，然后租借给农民，农民死后再收归国有，重新租借给别的农民。后来，国家掌握的土地越来越少，“均田制”无田可分，难以为继。
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